Câu lạc bộ bóng đá Trẻ SHB Đà Nẵng tiền thân là đội bóng đá Quân khu 5. Đội bóng quân khu 5 vô địch giải hạng nhì quốc gia 2005 và giành quyền thăng hạng nhất từ mùa bóng 2006. Kết thúc mùa giải 2008 cả hai đội bóng quân khu 5 và quân khu 7 cùng bị xuống hạng nhì.

Đến trước mùa giải 2011, CLB bóng đá QK5 đổi tên thành Trẻ SHB Đà Nẵng sau khi Sở thể dục thể thao TP Đà Nẵng chuyển giao đội bóng cho Ngân hàng Sài Gòn - Hà Nội (SHB).[1]

Trước khi giải bóng đá hạng nhì quốc gia 2011 khởi tranh vài ngày, câu lạc bộ chính thức chuyển đổi mô hình hoạt động sang thành Công ty Cổ phần Thể thao. Kết thùa mùa giải 2011 đội bóng vô địch và giành quyền thăng giải hạng nhất quốc gia 2012.

Mùa bóng 2012 lần đầu tiên chơi bóng ở giải đấu cao thứ nhì quốc nội, đội bóng đá trụ hạng thành công với vị trí thứ 7 chung cuộc. Trước thềm giải bóng đá hạng nhất quốc gia 2013, trẻ SHB Đà Nẵng chính thức bị giải tán.[2]

Mùa bóng 2018, đội bóng quay trở lại tham dự giải hạng ba quốc gia 2018 và giành được suất thăng hạng Nhì 2019